Нередко бывает так, что автохтонные виды относятся к аллохтонным родам. К примеру, виды, сформировавшиеся в условиях островной изоляции, являются для фауны данного острова автохтонными. Но род, представитель которого проник на остров и дал там начало формированию эндемичных автохтонных видов, имеет широкий ареал и происходит из других частей земного шара.
Как только будет доказана автохтонность того или иного вида, следует выяснить, когда он возник, поскольку вопрос, откуда он проник, отпадает (он образовался на месте). Для решения данной проблемы нужны сведения об экологическом соответствии автохтонного вида современной обстановке. Еще лучше иметь палеонтологические материалы.
Что касается аллохтонных видов, необходимо установить, откуда они проникли, когда вошли в состав фауны, какими путями совершалось их продвижение. Подобные вопросы требуют изучения ареалов и их динамики. Это позволит определить направление миграции аллохтонного вида. Для молодых фаун, сформировавшихся на территории, освободившейся от покровного оледенения, вопрос, из каких центров и каким путем проникли те или иные виды, имеет очень важное значение. Решить, когда аллохтонные виды вошли в состав фауны, можно при сопоставлении сведений о распространении их с данными исторической геологии. К. Линдрот (1949), изучавший фауну насекомых Фенноскандии (Скандинавия), обнаружил, что многие виды ее приурочены к возвышенностям, которые, видимо, не покрывались льдом, и распространены там узко локально. Из этого Линдрот сделал вывод, что изучаемые виды поселились на возвышенностях еще до оледенения и пережили события плейстоцена в «убежищах». В молодой (в целом) фауне Скандинавии они являются самыми древними. Решить вопрос, откуда произошло вселение, можно с помощью примера, описанного выше (овсянка-дубровник в Европе), т. е. нужны прямые свидетельства о расселении вида в течение многих десятилетий.