Слияние двух фаун, территориально изолированных друг от друга эффективными барьерами, в одну (после исчезновения барьеров) — сравнительно не часто встречающийся тип фауногенеза. Хоть он и кажется простым, но внедрение видов одной фауны в другую и наоборот, когда это касается фаун, господствующих на обширных территориях, осуществляется с большим трудом из-за отсутствия свободных экологических ниш и ожесточенной конкуренции аборигенов. Теоретически при таком типе фауногенеза обе фауны должны взаимно обогащаться, но сохранять свою индивидуальность. В качестве примера Майр приводит процесс формирования орнитофаун Центральной Америки и архипелагов восточной части Индонезии (Сулавеси, Ломбок, Тимор и другие острова). Если же исчезают барьеры, разделяющие фауны, которые занимают небольшие площади, они объединяются в одну фауну без особых осложнений. К примеру, озеро Виктория (Центральная Африка) в квартере в промежутках между влажными периодами за счет частичного усыхания разделялось на многочисленные мелкие озера. Во время самостоятельного существования этих озер, населявшие их фауны развивались независимо друг от друга, что и привело к появлению в каждом из них самостоятельных видов. При любом же новом увлажнении климата озера объединялись в одно. Следовательно, современная фауна Виктории является результатом слияния нескольких фаун.
Приспособление к специфическому местообитанию, как особый тип фауногенеза, представляет собой видоизменение второго, а возможно, и третьего типа, поскольку вследствие колонизации из одного или из нескольких источников происходит естественный отбор с последующей вспышкой видообразования в специфических условиях (в океанических впадинах, глубоких пещерах, на изолированных горных вершинах и т. д.), что приводит, в конце концов, к образованию оригинальных фаун.