Как правило, каждая фауна, формирующаяся на уже заселенной территории, должна содержать в себе различные элементы. С одной стороны, это виды прежней фауны, переживающие изменение окружающей среды на месте. Они со временем перейдут на положение реликтов, поскольку природа их не будет полностью соответствовать новым условиям. Количество таких видов, конечно, окажется разным в различных фаунах. В состав новой фауны войдут и виды древней фауны, которых «устраивает» новая обстановка. Они, возможно, даже выиграют от происходящих перемен и дадут вспышку видообразования. В таком случае автохтоны новой фауны будут потомками древнего фаунистического ядра. С другой стороны, формирующаяся фауна получит основательное пополнение за счет мигрантов — аллохтонных видов, возраст которых различен, но как новые вселенцы они, разумеется, представят молодой фаунистический слой. Благодаря им на новом месте появятся самые молодые автохтоны, сформировавшиеся в результате процесса видообразования.
Реликты и виды древнего ядра фауны могут быть названы первичными фаунистическими элементами, мигранты и их потомки — автохтоны — вторичными. Среди них только новые автохтоны относятся к прогрессивным эндемикам.
При решении проблемы фауногенеза возникает вопрос, какую роль в формировании фауны играют миграции и в какой мере она создается за счет автохтонного развития. Некоторые зоогеографы, например Дарлингтон, считают, что главное в фауногенезе — миграции, роль же преемственности в развитии фаун они недооценивают. В таком случае даже фауны, развивавшиеся без перерывов, оказываются моложе, чем это можно было предположить. Ряд исследователей впадает в другую крайность, допуская переживание без существенных изменений целых реликтовых фаун на территориях, не подвергавшихся оледенению (в «убежищах третичной фауны»). Они считают, что эти территории в свое время играли роль центров, откуда происходило заселение районов, где фауна была уничтожена, вытеснена или, в крайнем случае, сильно обеднена. Подобные «реликтовые фауны» рассматриваются ими как нечто, не изменяющееся во времени, что, конечно, неверно. Ведь любые фауны, как развивающиеся, так и давно сложившиеся, пребывают в динамическом состоянии. Эволюционные процессы протекают всюду, везде происходят и прогрессивные и регрессивные преобразования, меняется облик и «старых» фаун.