Однако важнейшие для фауногенеза процессы протекали в неогене, когда началось альпийское горообразование, шло отступание моря и очертания суши стали приближаться к современным. На освободившихся от воды территориях стали складываться аридные ландшафты, в том числе и пустыни. В это же время пустыни дифференцировались на свои варианты и в них образовывались комплексы специализированных животных. Па-раллельно с этим происходила интенсивная радиация крупных ксерофильных групп животных: из млекопитающих, например тушканчиков и песчанок, а из рептилий — ящурок и круглоголовок. Из Эфиопской области мигрировали некоторые пустынные группы насекомых (жужелицы, чернотелки).
В четвертичном периоде в Средней Азии наблюдались крупные события: в области альпийской складчатости продолжались активные горообразовательные процессы, в пустынях произошел ряд смен климатических режимов, что повлекло за собой смещение ландшафтных зон. Пустынная фауна подверглась большим перестройкам: в больших родах шла интенсивная адаптивная радиация, приведшая к возникновению современных видов с их ареалами. Тогда же в пустыни проникли широко распространенные виды тропического происхождения, а среднеазиатские распространились вплоть до песков юга европейской части России и юга Сибири. В конце периода из разных источников сложилась фауна оазисов и человеческих поселений. Ряд видов был вытеснен, а то и полностью уничтожен.
Итак, следует сделать вывод, что способ фауногенеза можно выяснить по доле участия автохтонов и мигрантов в составе современных фаун. Наличие большого количества широко распространенных видов при низком проценте эндемизма говорит в пользу преобладания миграционных процессов в фауногенезе. И наоборот, количественное преобладание эндемиков, особенно высокого ранга, свидетельствует о доминировании местных длительных формообразовательных процессов.