Третья особенность островных фаун заключается в том, что они нередко являются последними убежищами архаичных видов животных. Такие виды немногочисленны и встречаются на Мадагаскаре, Новой Зеландии, Сулавеси, а также на Антильских островах. В одной из оригинальнейших наземных фаун — новозеландской — вообще отсутствуют аборигенные млекопитающие, но имеются древнейший современный вид рептилий — гаттерия, или туатара, а также гладконогие лягушки лиопельмы (2—3 вида), древние и архаичные представители отряда бесхвостых. В состав современной мадагаскарской фауны входят древние тенреки (30 видов), настоящие лемуры, индри и руконожки (из примитивных приматов), легуаны (из игуановых рептилий).
Интересно общее распространение последних. Легуаны представлены многочисленными видами в фаунах Северной и Южной Америки, а в восточном полушарии встречаются на островах Фиджи и Тонга. На островах Куба и Гаити до нашего времени дожили архаичные щелезубы (2 вида), представители насекомоядных млекопитающих. В ископаемом состоянии близкие роды обнаружены в Северной Америке.
Причину сохранения на островах древних примитивных форм животных многие зоогеографы видят в следующем. Основной ареной эволюции являлись и являются материки. На них возникают, развиваются и последовательно сменяют друг друга все новые и новые группы организмов, более прогрессивных, лучше приспособленных к окружающей среде. Отделение островов от материка или образование их другим способом происходило в разные периоды, в том числе и до возникновения на материках прогрессивных групп животных. Поэтому они и не попали на острова. Вот почему на последних сохранились древние обитатели, не имеющие врагов и конкурентов, которые перешли на положение оттесненных реликтов.
Кроме того, определенные виды животных, возникших на островах, не могут жить на материке, даже если бы они туда и попали. Это в первую очередь нелетающие птицы. Они есть на Новой Зеландии, Новой Гвинее, на Мадагаскаре и прилегающих к нему малых островах, а также в Австралии, которую можно рассматривать как гигантский остров. Сохранение нелетающих птиц на островах возможно до тех пор, пока туда не будут завезены собаки или не начнется прямое преследование их человеком, что и произошло с гигантскими моа (семейство Dinornit-hidae) на Новой Зеландии или нелетающими голубями (Didus ineptus и др.) на островах Маврикий и Реюньон вблизи Мадагаскара.